Prezes PAN jest jednym z organów Akademii. Przewodniczy Zgromadzeniu Ogólnemu i pracom Prezydium PAN. Kieruje bieżącą działalnością Akademii w okresach pomiędzy posiedzeniami Prezydium. Reprezentuje PAN w kontaktach z jednostkami zewnętrznymi, w tym władzą ustawodawczą i wykonawczą.

Do kompetencji prezesa należy m.in. sprawowanie nadzoru nad jednostkami naukowymi oraz innymi jednostkami Akademii, a także koordynacja prac wydziałów PAN. Prezes może w razie potrzeby powoływać komisje i zespoły doradcze.

Prezes jest wybierany spośród członków Akademii przez Zgromadzenie Ogólne na czteroletnią kadencję (nie więcej niż dwie). Kandydatów zgłaszają członkowie krajowi wraz z pisemną, merytoryczną argumentacją. Wybór odbywa się w głosowaniu tajnym bezwzględną większością głosów, przy obecności co najmniej ⅓ członków krajowych.

Zgromadzenie Ogólne wybiera również wiceprezesów (od trzech do pięciu). Kandydatów zgłasza prezes spośród członków krajowych reprezentujących odrębne specjalności naukowe.

Prezesa i wiceprezesów Akademii powołuje Prezes Rady Ministrów.